1600年5月18日(万历二十八年)，利玛窦带着庞迪我(DidacedePantoja)神父和准备好献给皇帝的礼物再度赴京，并于1601年1月24日抵达北京。进呈自鸣钟、圣经、《万国图志》、大西洋琴等方物，得明神宗信任。

同年，明神宗下诏允许利玛窦等人长居北京。但中国的朝廷根本没有注意到，利玛窦长住北京的目的是为了传播基督教。之后利玛窦在北京以丰富东西学识，结交中国的士大夫。常与宾客谈论天主、灵魂、天堂、地狱。同时编撰新书，包括以中文写成的《二十五言》等，得到不少中国知识分子的尊重。

到了1605年，北京已有200人信奉天主教，当中有数名更是公卿大臣。这当中最著名的，也是后来影响最大的是进士出身的翰林徐光启。

1610年5月11日(万历三十八年)利玛窦病逝于北京，赐葬于平则门外的二里沟。逝世前指定龙华民(NicolasLonglbardi)接任教会中职务。

利玛窦(MatteoRicci，1552年10月6日—1610年5月11日)，意大利的耶稣会传教士，学者。1583年(明代万历年间)来到中国居住。其原名中文直译为玛提欧·利奇，利玛窦是他的中文名字，号西泰，又号清泰、西江。在中国颇受士大夫的敬重，尊称为“泰西儒士”。他是天主教在中国传教的开拓者之一，也是第一位阅读中国文学并对中国典籍进行钻研的西方学者。他除传播天主教教义外，还广交中国官员和社会名流，传播西方天文、数学、地理等科学技术知识。他的著述不仅对中西交流作出了重要贡献，对日本和朝鲜半岛上的国家认识西方文明也产生了重要影响。